Uvođenje novog EES sistema stvorilo je nezapamćene gužve na svim graničnim prelazima sa zemljama Evropske unije. Iako se ušlo u drugu fazu primene, kada EES sistem "radi" duže sati dnevno, može se slobodno reći da je stanje na graničnim prelazima nikad gore, te su neki preduzeli i mere obustave, kao što je lisabonski aerodrom "Umberto Delgado" u Portugalu. Na 3 meseca ukinute su biometrijske provere (EES) nakon što su se putnici suočili sa sedmočasovnim kašnjenjem na granici! I oni nisu jedini.